На 01 июня 2012 г. в области осуществляют свою деятельность 41 зарегистрированная религиозная организация.

В том числе, 19 организаций Русской Православной Церкви Московской Патриархии, две иудейские общины: Биробиджанская еврейская религиозная община "Фрейд" и местная религиозная Иудейская община "Бейт Тшува" города Биробиджана. В апреле 2009 г. зарегистрирована местная мусульманская религиозная организация "Махалля "Ахли Тарикат" г. Биробиджан ЕАО Центрального духовного управления мусульман России. Помимо этого в области представлены 18 протестантских религиозных организаций.

Биробиджанская еврейская религиозная община "Фрейд" создана в июле 1997 г. В ноябре 2000 г. был открыт общинный центр, в котором разместились молельный зал, библиотека, компьютерный класс, благотворительная служба "Хэсэд". Эта служба проводит большую работу. Помощь оказывают малообеспеченным жителям области: им предоставляют бесплатные лекарственные препараты, медицинское реабилитационное оборудование.

"Фрейд" имеет общинный центр, в который входят:

• построенная в 2004 г. по религиозным канонам синагога с музеем, рассказывающим о постулатах иудаизма;

• библиотека, располагающая обширным собранием литературы о еврейской истории и традициях;

• детско-юношеский центр, который в октябре 2010 года отметил своё 20-летие.

Например, в детско-юношеском центре ежедневно проводятся занятия по языку идиш, истории и традициям еврейского народа, изобразительному искусству, музыке и танцам. Фондом общинной библиотеки пользуются полторы тысячи читателей самых разных возрастов и национальностей.

При финансовой поддержке международного еврейского благотворительного фонда "Джойнт", служба "Хэсед" ежемесячно снабжает более 600 жителей области - пенсионеров и инвалидов, имеющих невысокий доход, лекарственными препаратами, продуктовыми наборами, оказывает другую материальную помощь. Аналогичную поддержку получают более 70 детей из многодетных и малообеспеченных семей по программе "Детская инициатива". Около 70 одиноких пожилых людей общаются и проводят досуг в "Дневном центре пожилого человека". В 9 клубах по интересам коллективно отмечаются шаббаты и другие еврейские праздники.

Общинная деятельность включает в себя и творческие коллективы. Это молодежный клуб "Хаверим", женский клуб, клуб бывших малолетних узников гетто и концлагерей, культурно-просветительское общество "Эйникайт". Члены клубов проводят познавательные мероприятия, вместе встречают шаббаты и еврейские праздники. Еврейская религиозная община имеет свое печатное издание – газету "Община".

Стало традицией общины проводить во всех районах области Дни еврейской культуры.

В начале 20-го века на территории, которую занимает сейчас область, было более двух десятков православных церквей. До наших дней не сохранилось ни одной из них. Возрождение православных приходов автономии началось в Биробиджане – городе, в котором никогда ранее церквей не было. Первый православный приход появился здесь в 1991 году на улице Кирова, в бывшем здании народного суда. Еще один приход появился в Биробиджане в конце 1994 года. Бывший детский сад промышленно-торговой фирмы "Надежда" (ныне это АО "Элегант") отдали под покровительство Святого Великомученика и Целителя Пантелеймона. Приход стал уникальным в своем роде не только в ЕАО, но и среди православных храмов зоны Сибири и Дальнего Востока. Помимо своего религиозного назначения он выполнял задачи церковно-социального служения: здесь открылись приходская больница и благотворительная столовая.

В настоящее время в ЕАО православные приходы есть во всех районах автономии - в селах Екатерино-Никольское, Ленинское, поселках Николаевка, Кульдур, Теплоозерск, городе Облучье, других населенных пунктах. Первая специально построенная церковь появилась в областном центре в 1999 г. Праздничная служба состоялась здесь 19 декабря 1999 года в день Святителя Николая Чудотворца, имя которого носит первая церковь автономии. В октябре 2002 года на территории ЕАО была образована самостоятельная Биробиджанская епархия, которую возглавил епископ Биробиджанский и Кульдурский Иосиф (Балабанов). В сентябре 2005 года в г. Биробиджане состоялось открытие Благовещенского кафедрального собора – первого каменного собора в области. В сентябре 2007 года начал свою работу социально-просветительский центр, расположенный на территории кафедрального собора.

В феврале 2004 года подписано Соглашение о сотрудничестве правительства Еврейской автономной области и Биробиджанской епархии Русской Православной Церкви.

В рамках Соглашения ведется взаимодействие по вопросам совершенствования патриотического воспитания, духовно-нравственного просвещения молодежи, приобщения населения к историческому и духовно-культурному наследию православия.

Православная конфессия выпускает свою ежемесячную газету "Благовест". Также Биробиджанская епархия публикует информацию о жизни организации в сети Интернет на сайте www.eparh.ru.

Местная мусульманская религиозная организация "Махалля "Ахли Тарикат" г. Биробиджан ЕАО Центрального духовного управления мусульман России зарегистрирована как юридическое лицо в апреле 2009 г. В соответствии с Уставом организация создана для "совместного исповедания и распространения ислама". В 2010 г. на должность имам-хатыба Махалли назначен Саидрахмон Хайдарович Расулов. Мусульманские общины также есть в Смидовичском, Облученском и Ленинском районах.

С 2011 года мусульманские праздники широко и массово отмечаются в области. Например, в августе 2011 года на территории стадиона "Дружба" прошел праздник Ураза-Байрам и собрал около 400 человек. Среди гостей были губернатор области, мэр Биробиджана, представители законодательной власти и общественных организаций. 04 ноября 2011 года, в День народного единства, состоялся первый фестиваль национальных культур народов, проживающих на территории области, в котором мусульмане приняли самое активное участие. В марте 2012 года община впервые широко отмечала народный праздник Новруз (Новый год). Жители области и гости из других регионов ознакомились с национальными угощениями и приняли участие в спортивных состязаниях.

Мусульманская община много помогает детским домам, ветеранам, внесла свой весомый вклад в строительство детской площадки на территории микрорайона "Сопка" в г. Биробиджане. Активно участвует в благотворительных акциях.

Помимо этого в области работают протестантские религиозные организации. Появилась тенденция объединения протестантских церквей для проведения культурно-просветительских и благотворительных мероприятий. Ежегодно протестантские религиозные организации проводят совместно празднования Рождества и Пасхи. Как правило, они организуют совместные концерты.

На территории Биробиджанского района в с. Найфельд функционирует благотворительная общественная организация "Маяк", основным видом деятельности которой является предоставление социальных услуг с обеспечением проживания. В благотворительном центре организации находят приют лица без определенного места жительства или вышедшие из мест лишения свободы. Организация "Маяк" и реабилитационный Центр для граждан без определенного места жительства созданы в декабре 2009 года комитетом Евангельских церквей Еврейской автономной области и существуют на средства церквей, а также на пожертвования жителей области.